Munaqosyah BTQ adalah kegiatan ujian akhir bagi mahasiswa yang telah menyelesaikan pembelajaran BTQ. Ta’lim (pembelajaran) BTQ metode Jami’ati berlangsung selama satu semester (32 tatap muka), dan bagi mereka yang dapat menyelesaikan lebih awal, dapat segera mengikuti munaqsoyah dengan cara mendaftar melalui Ustadz/dzah masing-masing, yang nantinya akan dijadwalkan ujiannya. Sebelum mendaftarkan munaqosyah, peserta terlebih dahulu mengikuti pra munaqosyah, berupa cek kemampuan untuk dinyatakan layak mengikuti munaqosyah.
Materi munaqosyah meliputi : (1) membaca al-Quran; (2) hafalan Juz Amma; dan menulis (kitabah). Peserta munaqosyah yang dinyatakan lulus akan diberikan sertifikat (syahadah) sebagai bukti telah memenuhi kemampuan BTQ metode Jami’ati. Bagi yang belum lulus dapat mengulang munaqosyah (remidi), dengan mempersiapkan lagi kemampuannya agar memenuhi kriteria saat ujian (munaqosyah).
